Сконфигурировали плату на два канала. USBTrace видит два пайпа на вход и два на выход. А как с ними работать? Устройство видится одно, в командах от библиотеки никаких параметров нету, только хендл устройства (которое одно).

Давно с ней работал, поэтому помню смутно, работал только с каналом А.
Вот пример работы с моей программы


где
#define DESCRIPTION "USB <-> StendMPN A" // Описание устройства (находится в ПЗУ)
хотя в самом пзу прошито "USB <-> StendMPN". Вроде добавляя пробел А, мы выбираем канал

Да, к заданным в EEPROM описанию и серийному номеру добавляется "A" или "B" уже в драйвере. Для работы с двумя каналами надо получить два хендла и самому разбрасывать что куда и откуда.