ПЛИС EPM3256ATC144-7 программирую из max plus. Подаю сигнал на один из входов, внутри в проекте (файл gdf) просто прямое соединение с выходом и сигнал не проходит. Хотя если я просто внутри проекта подаю VСС или GND на выход, то проходит.
Какие нюансы могут быть, я новичок

Что угодно может быть, начиная от ошибки в проекте (учитывая что у вас графика - могли легко накосячить) и настроек проекта до соплей при пайке.
Больше удалённо трудно сказать что-то...
И ещё, начинающим не рекомендбуется трогать макс, он давно уже умер и не развивается. Имее смысл его ковырять только для старых проектов, котррые на квартус нет смысла переностить.

Не рекомендуется кем?

На мой взгляд, простая и гораздо более удобная штуковина, чем Квартус, для обучения основам. Да и работает быстрее.
После обучения этим самым основам перейти на Квартус проблем никаких.



Если микросхема шьется и ноги вверх-вниз дергаются, значит скорее всего принципиальных проблем с матчастью нет.
Тем не менее, что-то Вы делаете неправильно.

Какой конкретно сигнал Вы подаете и на какую ногу (тип ноги)?
Какая частота, напряжение и т.д..

А кем рекомендуется? Он-то проще, но общие понятия можно и в книге или инете почитать, изза слишком большой набежавшей разницы придётся заново учится, так уж лучше сразу учить актуальное.
В квартусе уже очень многое по другому.
Я-бы не маялся дурью, взял какой туториол, или обучалку, проделал его по шагам, и получил бы всё то, что можно получить от макса, все нужные основы.
Но это конечно моё мннение.