Как правильно поступать при получении производственных файлов для платы, имеющей вырезы?
В Altium Designer есть возможность создать отдельный *.txt файл с вырезами (Флажок Generate Board Edge Rout Paths в NC Drill Setup).
Или контуры вырезов нужно нанести на том же слое что и контур платы?

ИМХО нужно см. 5-й пункт Требования к контуру платы в разделе Требования к проекту печатной платы на сайте Электроконнекта.

То что надо

Я делаю именно так (Mechanical1), производители плат были разные.
В герберах дать также отдельно этот слой.