Три вопроса:
1. Для чего на ножках разъема сделаны утолщения (поз. 1 на рис 001.jpg)
2. Разъем поставляется с планкой (поз. 2 на рис 001.jpg). Для чего она?
3. Правильна ли такая установка разъема на плату (рис. 003.jpg) ? Или надо его вставлять до конца?

Утолщения - это замки, на них он будет держаться в плате. Вставлять (запресовывать) нужно соответственно до конца.

Для чего планка - сам бы хотел узнать

Так что, его паять не нужно?
Какие отверстия делать в плате под такую запрессовку?

Нет, под пайку есть такие-же, но без зажимов. Какие отверстия делать - вроде было в документе на сайте производителя.

Не подскажите полное наименование разъема, производителя и где покупали?

Покупал здесь:
http://www.interia-ek.ru/
В поиске набираете "PC104" - их там несколько. Наличие - у менеджера.
Цена:
PC104-40 - 137,97р без НДС
PC104-64 - 200,68р без НДС

Планка надевается на контакты после запрессовки (с обратной стороны платы).