Опорное напряжение на АЦП данной макетки 3.3 вольта. Есть вопрос, если я подам на АЦП 5 вольт...что-нибудь плохое произойдет?

Если под чем-то плохим понимается выход процессора из строя, то такого произойти не должно.

Смотрим даташит, раздел AT91SAM7S Electrical Characteristics ->ADC Characteristics:

External Voltage Reference Input:
ADVREF Input Voltage Range Min - 2.6; Max - Vddin

Analog Inputs:
Input Voltage Range Min - 0; Max - Vadvref

Т.е. более 3.3 вольт подавать нельзя, а то чтонить плохое может произойти...

Это условия нормальной работы АЦП. В Absolute Maximum Ratings стоит цифра 5.5V для всех входов, т.е. не сгорит.

Рядом с Absolute Maximum Ratings написано:
Stresses beyond those listed under “Absolute Maximum Ratings” may cause permanent damage to the device. This is a stress rating only and functional operation of the device at these or other conditions beyond those indicated in the operational sections of this specification is not implied. Exposure to absolute maximum rating conditions for extended periods may affect device reliability.

Во-первых, мы пока не beyound и даже не at, а на 0.5V below.
Во-вторых, речь все же шла о случайном попадании 5V на вход АЦП, ибо постоянная подача такого напряжения смысла не имеет.