Имеется STM32F103RET6 с отключенным в процессе инициализации через ремап регистр JTAGом.

Можно ли с помощью МТ-Линка пятой версии прошить контроллер без специальных мер?

Например, в uVision v4 в настройках J-Link присутствует опция Connect under reset.
То есть в теории отладчик должен уметь сбрасывать ядро и успевать соединяться до того, как прошивка отключит житаг.

На практике такого у меня не получалось.
Выставляя различные настройки не удалось не то что соединиться с контроллером, а даже просто сбросить его - отладчик ни в какую не активирует линию NTRST.

С помощью сеггеровского J-Link Commander соединиться также не получается, хотя сброс уже активируется.

В чём может быть загвоздка?

Вроде бы было у меня такое, отключал JTAG. Только у меня ARM-USB-OCD и OpenOCD:)
Насколько я помню, запускал программацию с нажатым резетом, и всё получалось. Правда, я оставлял себе лазейку, у меня ремап JTAG-а не включался при определённой комбинации входных сигналов.
Хотя точно не помню, может и путаю чего.

С зажатым кнопкой ресете мт-линк не может прошить камень. Это я уже пробовал.

Тоже пока предусмотрел задержку ремапа и останов процессора при опр. внешнем сигнале.

Но хотелось бы поцивильнее...

Я может быть не совсем ясно выразился. Резет я отпускал, но только после того, как OpenOCD зацепится за камень.

Нет, JFlashARM.exe при нажатом ресете тоже не может подсоединиться...

Хреновина какая-то.
Надо спросить на сеггеровском форуме, что ли