Аналогичная проблема была у freezy и описана здесь
http://www.alteraforum.com/forum/showthread.php?t=21086
Решил он её переустановкой всей системы. Может у когото еще была аналогичная проблема и она решается не так сложно.
Путь до моделсима и галка симуляции в SOPC стоит. все что описано в AN351 сделал, но он все равно не генерит mpf файл (остальные файлы есть). Попробовыал на тестовом проекте <Nios II EDS install directory>/examples/<vhdl or verilog>/
niosII_stratixII_2s60/standard там история такаяже mpf файл отсутствует.