Скачал схему на эволюционную плату от Авнета с PCIe. На ней на четных лейнах проводники дифпар перекрещены между собой. Т.е. позитивный вывод передатчика соединен с негативным выводом приемника. И наоборот, негативный вывод передатчика соединен с позитивным выводом приемника. Т.е. наблюдается перекрещивание проводников в дифпаре по четным лейнам. Подскажите, пжл, это ошибка или фича? И если фича, то что это такое?

Думаю, это и не ошибка и не фича - просто так легче было разводить. Стандарт PCIe такие вольности позволяет ибо одном из шагов инициализации линка и является определение как подключены половинки пары

Однако, слышал, что не все это перекрещивание поддерживают, тем не менее. Надо быть осторожным.

По протоколу инверсия полярности - не опция, а обязательная процедура в случае необходимости. Не думаю, что сертифицированные производители PCI-express чипов могут её не поддерживать.

По Lanes понятно, что стандарт предусматривает перекрещивание пар по которым идут данные. А вот могу ли я перекрестить дифф.пару REFCLK (100МГц) ?

Стандарт PCIe ни разу не читал, но моё ничем не подтверждённое мнение - что можно перекрещивать. Это опорная частота, которая в приёмнике подаётся на ФАПЧ, где получается битовая частота, фаза которой подстраивается под фазу линий данных. Поэтому фаза исходной опорной частоты всё равно не важна...