Имеется TCP сервер на железе, клиент - на ПК. На каждую пачку данных 512Б ответ ACK приходит только через 200 мс. Есть предположение, что это связано с размером окна у клиента, равного 65КБ. Так ли это?

Не только с окном связано.
Обычно TCP посылает ACK или по таймауту (delayed ACK) как раз и равен 200 мс (не должен превышать 500 мс) или по приему 2*RMSS (RECEIVER MAXIMUM SEGMENT SIZE) байт. Или конечно если данные есть в нужном направлении - для этого и сделано что бы пустые пакеты не отправлять, а т.к. сказать подтверждения ждут оказии.

В виндах вроде можно в реестре настроить
http://support.microsoft.com/kb/328890