наверное глупо, но никак не могу понять чего он от меня хочет?

Он хочет, чтобы вы сопоставили существующим Wire на схеме, соответствующие им на PCB
Если не хотите сами сделать-- он сделает сам по встроенному алгоритму

Означает ли это, что я могу не обращать на все это внимания и оставлять эту работу программе? Или есть какие-то тонкости? Почему именно эти компоненты ему не нравятся? Почему другие сопоставлять не просит? От чего вообще это получается?

У вас что-то было на PCB
Вы что-то поменяли на схеме.
Не которые вещи получаются замкнутыми
Если вы знаете что нужно соединить-- то это вам и предлагает-
Не знаете--- оно сделает само
Будет некоторые нарушения DRC? которые вам покажут.

В целом обращать не стоит.
Только в важных правках при минимальных переделках

Такое бывает, если в схеме удалить элемент, или заменить аналогичным, но при этом присвоить ему другой номер. на плате же остаются соединения от старого элемента, вот и появляется окно с вопросом: что теперь делать?

на окно лучше не обращать внимания, по умолчанию программа сама удалит лишние соединения (именно соединения, а не разводку. пустые дорожки на плате могут остаться, но это тоже не страшно)