Идеально для этой цели подходит NUC945 вся его прелесть корпус LQFP128 поддерживает SDRAM и SRAM нет лишней периферии, но больно темная лошадка нету документации и софта. Или он еще совсем свежий !?!
Следующий претендент это AT91SAM9XE, на котором пока выбор остановлен.
Стоит на него закладываться или есть что то интересней ?
Как у него с поставками ? на сайте он еще числится как Sampling

Если ставить SAM то имеет смысл к FPGA подцепиться через SSC здесь возникает вопрос потянет ли SSC 40 МГц клок при в ключении приемник будет слейвом, а передатчик мастером ? Как у него не глючный SSC ?