Есть ли возможность в альтиуме указывать переходные отверстия с заполнением смолой и покрытием медью (например под контактными площадками)? Чтобы можно было вывести отдельный файл с этими отверстиями. И как обычно готовиться выходная документация с такими отверстиями, отдельный файл сверловки?

Кто вам выборочно будет смолой заполнять. Уж ежели заполняют то все.
Указать в заказе просто надо

Вот тут по другому объясняют: http://www.pcad.ru/forum/50677/ , также есть готовая плата в которой только часть ПО закрыта медью, остальные обычные сквозные. Получается нужно в каком нибудь механическом слое дополнительно рисовать площадки под которыми будет ПО и отдавать этот гербер...вот только вручную это как-то не хотелось бы делать..

Опять же там по ссылке нигде не говорится про часть ПП. Не путайте золочение и заполнение смолой
Возможно это и можно, но плата от этого дешевле не станет.
И если возможно--- то в этой части все ПO ,будут заполнены медью.
соответственно нет никакого отношения к файлам сверловки. Либо указать в заказе зоны, либо сделать эти зоны в одном из механических слоев и это будет гербер

Там дан пример бланка заказа с такими ПО, в который внесен файл сверловки со следующим комментарием: "plated_via.drl - переходные отверстия с заполнением и покрытием медью".

Ну там и спросите. Я знаю, другие заказывали -- хотя бы одна такая дырка есть, и уже что одна, что вся плата без разницы. Уже присутствует технологическая операция и стоимость прыг вверх

Если я правильно понял то требуется некоторые отверстия заполнить смолой или залить паяльной маской а некоторые нет.
Выбираем требуемые отверстия и открываем вкладку PCB Inspector
Slder Mask Tenting Top / Bottom Вот там где требуется и ставим галочки.

Tenting - заполнение отверстий смолой делают при серийном производстве

(в маленьких партиях просто заливают паяльной маской)

как выводить докуметнацию по разным типам отверстий вопросом не задавался, но где то было в Help