Это при загрузке по JTAG,а при конфигурации из ПЗУ взводится нормально.Я по нему ресет для проекта формирую.Кто нибудь сталкивался?

А он вообще должен подниматься при конфигурации по JTAG?

Конечно,ведь инициализация идёт в любом случае.Я его потому и решил использовать вместо conf_done,удобно при отладке.На другой такой же плате всё чирикает.