Создал свой PCIe-проект Endpoint-устройства, используя Q9.1 SP2. То есть по сути вставил PCIe Hard IP ядро и назначил пины. Сконвертировал sof-файл как написано в User Guide утилитой sof2flash из NIOS EDS 9.1 SP2 командой:
sof2flash --input=arria2_ep.sof --output=arria2_ep.flash --offset=0x640000
Далее пытаюсь залить во Flash в "User hardware 1" область свой проект. Соответственно MAX II CPLD, которая стоит на этой плате, используя Parallel Flash Loader грузит в режиме Fast Passive Parallel ПЛИС Arria2 GX

Делаю это не через Board Update Portal, а через Nios II EDS. При этом ПЛИС сконфигурирована заводской прошивкой из "Factory hardware"-области, поэтому пункты 4-7 на стр. 39 пропускаю. В NIOS-консоли набираю:
nios2-flash-programmer --base=0x08000000 arria2_ep.flash
Flash прошивается, я переключаю USER LOAD switch (SW4.4) в "On", чтобы при включении питания ПЛИС конфигурировалась бы из Flash не заводской прошивкой, а вот только что записанным моим пользовательским проектом. Передергиваю питание - загорается "ERROR"-светодиод D16, ПЛИС не конфигурируется.
Никак не могу понять в чем может быть дело, ведь все делаю по инструкции. Кто-нибудь сталкивался с подобным ?