Может это связано с контрольным буфером ???

Вы подробнее проблему опишите.
Какое API используете...

Дело в том, что, я ставлю перемычку на ножки I/O, что бы считать данные которые записываю на внешнее устройство. При записи у меня нулевая ошибка, а вот при чтении ошибка "Не удаётся завершить команду".

Вы на вопросы не ответили - какое API используете? ( а то у фтди есть dll прямо для spi, jtag... но говорят глючные были)
Ошибку лучше привести в оригинале, а то на русском не понятно.
Какая функция возвращает ошибку....
Лучше всего фрагмент программы...
Здесь телепатов нет.