Типичная история:
- Купил SK-AT91SAM9260 + MTLINK
- установил IAR + SEGGER
- в IAR настроил JLink
- в IAR example запустил проект at91 sam9260_sdram (getting started project)
- проект откомпилировался с одним WARNING : integer conversion resulted in a change of sign
- нажимаю на кнопку отладки, появляется окошко загрузки и быстро пропадает, затем появляется окошко Driver с надписью
Warning: There were warnings during download, see Log Window
- нажимаю OK
- в Debug Log куча ошибок Verify error at address ... но IAR переходит в режим отладки в ниж правом углу загорается зел.значек JLink
- начинаю пошаговую отработку, программа зацикливается на первых трех командах

Поправьте если неправильно !
- необходимо загрузить программу в dataflash которую контроллер сам загрузит в озу и выполнит
- в этой программе описать действия по инициализации контроллера
- этой же программой загрузить в озу код рабочей программы и передать на нее управление
- в рабочей программе описать работу с PIO

Все правильно. Кроме того, JLink'ом можно загрузить рабочую программу непосредственно в ОЗУ.