Попытка написать в студии программу для ATmega48pa закончилась неудачей поскольку компиляция из С++ оказалась невозможна. Студия сказала, что этот чип поддерживается только под АСМом. Если я откомпилирую программу под ATmega48p и залью эту вкусняшку в ATmega48pa, то насколько вероятно, что все будет хорошо? Можно ли это делать в серийном приборе? Спасибо.

Atmel говорит, что ATmega48P "Not recommended for new designs: Replaced by ATmega48PA". Беглый просмотр особых отличий, кроме потребления питания, не заметил.. изучите даташиты, может, кой-чего и не так) А студия у Вас не древняя случаем? Может, стоит поискать обновления?
А залить просто так не выйдет, если только не отключить проверку сигнатуры

Пардон, сигнатура будет та же В общем, полностью заменим, вот AVR528: Migrating from ATmega48P/88P/168P to ATmega48PA/88PA/168PA

Ну и очень хорошо. Студия 4.18 со всеми сервиспаками. Проект заводит, но при попытке компиляции краненькая точка и выше целый список МК, вероятно поддерживаемых GCC. Возможно студия и не при чем.

по причине дифицита мега88
купили партию 88pa
шью как обычно - проблем нет
все фунциклирует..

А вот с ихними functionally identical нужно внимательно, этот абзац стоит для всех не-A -> A, но кое где различий побольше.

ну не отличаются ничем с точки зрения компилятора (и программатора) atmega48p atmega48pa, вот и всё. Выбирайте atmega48p. Когда для atmega48PV компилируется проект - тоже ведь atmega48p выбирается и ничего.
Вот attiny2313 и attiny2313A отличаются не только потреблением (хотя сигнатуры всё равно одинаковы, но при одинаковых фьюзах это не очень страшно), поэтому avr-gcc их различает.

p.s. «различие atmega48p atmega48pa» вполне гуглябельная фраза :-)