При включенном режиме Auto Negotiation соединение устанавливается только если режим включается при подключенном кабеле. При отключении и повторном включении кабеля процедура Auto Negotiation не отрабатывает и линк не поднимается. Кто работал с этой микросхемой, подскажите, нужно чтобы все работало периодически рестартить AutoNeg? Или и так должно, а я что-то делаю не так?

Как и следовало ожидать, я накосячил сам в процедуре обработки прерывания от LXT971. Как только косяк был устранен, все заработало согласно документации. Жаль тему нельзя удалить, только место занимает.