Нужно сделать счетчик 32 разяда от оптического энкодера 1000имп/обр. 3 сигнала (A-B + нольметка) подаются на плис через опто.
Выводы микроконтроллера SPI подключены к плис. Не знаю какую плис выбрать, сейчас есть в наличии две cyclone и max EPM3064
больше конечно к второму варианту, но может этой плис не хватит, ? если первый вариант то можно вместо мк использовать cyclone + nios, там же реализовать этот счетчик.? С плис только начинаю разбираться, поэтому еще вопросы в чем написать программу для nios
использую free квартус. какой вариант лучше использовать? помогите определится.

А на МК счетчик реализовать не получится?

Хватит. Ну, в крайнем случае разряды подсократите.