Все подсчеты приведены на вскидку, главное помогите подправить код!
Частота кварца - 4МГц.
Делитель по таймеру - 1024 (~4кГц)
То есть для подсчета 60сек необходимо насчитать таймером 240 000 (=4кГц*60), но т.к. таймер считает до 65535, то будем считать до 24000 10 раз (в моем случае до 23808).
Но в AVR Studio счетчик переваливает за 3мин и не останавливается (ждал правда несколько часов))
Где ошибка? Заранее благодарю.

А Вы учили ассемблер AVR?
1. lds temp,TCNT1H - позволяет загрузить только старший байт TCNT1H. А младший кто будет загружать?
2. Смотрите по документации нужно ли соблюдать порядок загрузки байтов - старший-младший
3. cp temp,marker ; таймер насчитал 23808? - тут интересно как это Вы сравните число 23808 с 8битным регистром?
Как минимум нужно комбинация cp-cpc (сравнение - сравнение с учётом переноса)

Вобщем алгоритм такой:
1. сбрасываем счётчик кол-ва раз по 24000 - точнее устанавливаем его значение = 10
2. сбрасываем TCNT1H-TCNT1L
3. Входим в бесконечный цикл в котором постоянно загружаем TCNT1H-TCNT1L
4. Если значение стало >= 24000 (проверка с помощью команд cp-cpc) то декремент счётчика кол-ва раз по 24000
5. Проверяем этот счётчик - если он равен 0 то посчитали нужное кол-во раз по 24000
6. Если не равен то переход на п 2

Самый правильный вариант - настроить прерывание по CTC с необходимым делителем таймера на период 1 секунда и просто завести секундный таймер.