Уважаемые специалисты!
Вопрос если нужно скомпилировать проект из mega128 в mega128a. Что то нужно менять в настройках, а то я этого не нашел?

набираете в командной строке avr-gcc --target-help и смотрите специфические опции для вашего микроконтроллера. Если таковые имеются то добавляете при необходимости.
Я не нашёл для 128a, что-нибудь особенного. Но и я и смотрел по диагонали.