Когда добавляешь компонент на схему и делаеш апдейт платы, компоненты устанавливаются за километр от платы... Раньше кидались ровной кучкой в Room...

Ну так координаты чего либо или параметров и стоят где то за километр.
вот оно и ставит на самый нижний, и прижимает самый левый.
Ищите мусор у себя

а как найти и где поправить эти координаты?

В библиотекаре, через панель PCBList

Вы имеете ввиду, что Set Reference стоит неправильно? Ведь относительно этой точки отсчитываются все координаты. Но тогда это надо исправить командой Edit/Set Reference, при чем тут PCBList?

Я думаю, что оно стоит у вас правильно, разве что экспортировали компонент

Предлагаю сюда выложить Ваши файлы, что-нибудь придумаем

Room Definnition Between Component on TopLayer And Role on TopLayer, при нажатии Violations в меню при клике П.К. Что делать с Room (этот квадрат без компонентов находится отдельно от платы)-нужен ли он или можно удалить? Помню при переносе из схематикса в PCB была галка на перенос Room в PCB, когда можно не включать её?

Если не знаете для чего-- удалите.
Галку не включайте
В противном случае в правилах нужно настройки изменить.