Вот что написано в мануале:
All non-isochronous IN endpoints generate an interrupt when a packet is successfully transmitted, or when a NAK handshake is sent on the bus and the interrupt on NAK feature is enabled. For Isochronous endpoints, transfer of data is done when the FRAME interrupt (in USBDevIntSt) occurs.

По идее если данные передаются в комп каждый фрейм проблем нет.
А если изохронный endpoint опрашивается, например, каждый 16 фрейм, как быть в этом случае - как узнать когда это происходит ?