Для тактирования ПЛИС использую PLL'ный генератор (в частности Epson SG8002), при этом задействуется PLL в ПЛИС. Есть ли какие-то "побочные эффекты" от такой связки? На практике работает, но хотелось бы узнать, как правильно по науке...

Нет никаких побочных эффектов. Если с выхода PLL идет нормальный сигнал без сильного фазового шума с нормальным duty cycle то проблем быть не должно. Я так делел один раз со Xilinx Spartan 2 - все нормально работает.

Побочных эффектов нет и в Xilinx Spartan 3. Только возле генератора не забудьте поставить конденсатор по питанию на 0.01 мкф, и возможно резистор на 5-10 Ом к Vcc (Как доп RC-фильтр).