В своем первом проекте на STM32 использую IAR 5.50 +ST-LINK.
Отладочная плата TE-STM32F103RET6KIT.
Для программирования выбрана основная флэш-память(перемычками). Предварительно стер флэш контроллера.

При попытке зашить программу, IAR пишет следующее:
User error: Stack pointer is setup to incorrect alignment. Stack addr = 0xfffffff.

Подскажите, из-за чего возникает данная ошибка и как это побороть

А Вы уверены, что это ошибка отладчика?
Может стоит посмотреть в коде, почему в указатель стека заноситься значение 0хFFFFFFFF ?

Разобрался, в IARе нужно было указать путь к файлу инициализации stm32f10x_flash.icf .