Предполагаю так:
Вы в своем проекте используете прерывания, следовательно компилятор создает таблицу прерываний (.vectors). Но в то же время, командный файл линкера (avr5.x) создан без использования оного.
Код
/* MODIFIED LINKER SCRIPT - BOOTLOADER: [b]without .vectors [/b]*/
Поэтому линкер и теряется, не зная что делать - Включать эту подсекцию или не включать в выходной файл!
Решения три:
1. Вручную изменить avr5.x, для поддержки этой подсекции
2. Найти подходящий файл для линкера
3. Переписать проект без использования данной подсекции