Кто знает как можно использовать с помощью файла конфигурации .sof незадействованные ячейки для использования другого проекта? Или формат данного файла. Заранее благодарен

Вопрос какой-то непонятный. Вы хотите залить прошивку, а потом еще раз туда залить другую прошивку? И при этом у Вас обе должны работать? Если так, то по идее возможности такой нет, работать всегда будет последняя залитая.