Недавно столкнулся с такой проблемой. В своем проекте использую ядро Aurora для передачи по Rocket. Для записи данных в Aurora по интерфейсу LocalLink использую частоту, выведеную с Aurora. После того как завел эту частоту на другие компоненты и описал логику, работающую по этой частоте, рокеты перестали инициализироваться. Это говорит о том, что путь прохождения сигнала частоты увеличился.

Кто как борется с подобными проблемами?

У меня возникла идея задать временные ограничения на распространение сигнала. Как задаются ограничения на внутренние сигналы?

а физическая среда у вас какая?
медь или оптоволокно?

Выходы приемопередатчиков выведены на SATA разъем.

Ограничения задаются в *.ucf файле.
Например:
NET "Clck125MHz" TNM_NET = "Clck125MHz";
TIMESPEC TS_Clck125MHz = PERIOD "Clck125MHz" 8 ns HIGH 50 %;
Говорит о том, что по проводу "Clck125MHz" передается меандр частотой 125 МГц (т.е. 8 нс, HIGH 50% - длительность положительной полуволны).
Далее вся логика, тактируемая этим меандром будет проверяться на задержку. Задержка не должна превышать 8 нс.