Заметил, что если включить System PLL или USB PLL, зависает симуляция на ожидании PLL locked. Это пофиксят?

Так об этом лучше спросить на Кейле. Обычно, если им хорошо описать ошибку и выслать пример проявления, то в следующем релизе будет пофиксена.