Имеем схему DC-DC преобразователя с flyback (обратноходовой) топологией, ШИМ-контроллер работает на частоте 350кГц, у имеющихся трансформаторов в документации указана рабочая частота 200-300кГц. Будет ли нормально функционировать в этом случае трансформатор,и если нет то какие в этом случае могут возникнуть проблемы. Заранее спасибо

В принципе работать будет, но потери в сердечнике , да и меди возрастут. Частота не намного больше штатной, может и сойдет. Тут еще какую мощность Вы с этого трансформатора снять планируете. Если токи немного меньше предельных, то все должно получиться.
А вообще - чем больше килогерцев - тем больше бесполезного тепла. Неужели нельзя спуститься чуть ниже?

Спасибо за ответ,ниже не получается,контроллер в составе микросхемы ниже не работает.Думаю, придётся брать трансформатор с большей выходной мощностью,но с стой же частотой 300кГц (выше нет в наличии).

Знаете, все-таки обычно портной подбирает пуговицы к пиджаку, а не наоборот.
У Вас очень расплывчатая задача, невозможно понять что есть пиджак, а что тут пуговица.
Микросхема на 350кГц? А что, она одна на планете?
Трансформатор? Ну, если их нужно 5-50шт, то не проще ли намотать такие, как нужно?
Мощность этого DC-DC какая? Если дополнительно нужно сдуть из-за потери КПД 50 ватт - проблема, а если 200мВт - может через дополнительные 1 см кв печати все и решится?

Может и так,тогда ещё один вопросик,мощность на выходе у нас определяется напряжением и среднеквадратичным значением тока со вторичной обмотки(Irms=Ipic*корень(D/3),где D-цикл равный 1/f),чем быстрее будем заряжать первичную индуктивность тем меньше пиковое значение тока на ней => меньше пиковое значение на вторичной и соответственно меньше среднеквадратичное значение тока на вторичной,а значит меньше выходная мощность,так?