Перефирийный компонент генерирует прерывание. Драйвер компонента обрабатывает это прерывание и сбрасывает флаг irq. Проблема в то, что время обработки (вернее время от поднятия флага до его сброса) где то 2,4 мкс. Флаг сбрасывается сразу после входа в тело функции обработчика прерывания Это слишком много. Нужны времена не больше 0,96мкс. Как это время сократить?
В приложении кусок Wave-диаграммы

а) использовать interrupt vector custom instruction и включить оптимизацию кода по быстродействию. С Вашим требованием может и не хватить.
б) использовать внешний контроллер прерываний, который есть в наборе компонент SOPC Builder. Должно получиться.

Vectored Interrupt Controller воткните в систему. судя по описанию (5 том хендбука), у него наименьшая латентность.