У меня Quartus 9.0, создал систему в СОПиКе, сгенерировал. Подключил модуль системы в проекте квартуса, расставил пины. При компиляции проекта выдает ошибку: Error: DQS I/O pin "ddr1_dqs[1]" does not feed a Clock Delay Control block
В чем может быть дело? Уже вроде бы все попроверял.. Кстати делал похожий проект когда-то в Quartus 7.2, там все работало.

два варианта:
1- неправильно подключены сигналы
2- синтезатор при оптимизации выкинул контроллер DDR, если от него не зависит какая-либо логика

проверьте отчет о компиляции проекта

Начал читать отчет о компиляции и обнаружил, что синтезатор выбрасывает какие-то ноды, с которыми якобы связаны пользовательские элементы проекта. Однако названия нодов говорили о том, что компилятор пытается использовать какие-то файлы систем, которые я раньше использовал в свем проекте, но уже давно их поубирал (наверное поостовались старые файлы). В общем, собрал свежий проект, создал систему по-минимуму, тока с ддр-кой, расставил пины, откомпилировалось, заработало...
vadimuzzz, спасибо!!