Может кто-то сталкивался с защитой от копирования прошивки. В даташите написано, что DNA уникален для каждого чипа. Возможно ли его прочитать и далее проверять каким-либо образом?

DNA есть только в Spartan-3A, 3AN, 3A DSP. В Spartan-3E есть только механизм проверки привязки прошивки к уникальному идентификатору конфигурационной памяти. И то и другое описано в ug332.