Вопрос такой: Поддерживает ли Cyclone III напряжение 5Вольт поданное на любой пользовательский пин???

Да, но только один раз.

http://www.altera.com/literature/an/an447.pdf

2 sysel
не факт, там кажись диоды есть на лапах и можно поколдунствовать через так, но я бы такой девайс в серию не ставил
Юзайте внешние левел-шифтеры

И помните, что защитные диоды ( PCI-clamp diode) подключаются только после того, как загрузится проект.

Я тоже ща хочу поиграть с 5 вольтами для МАКС2 (EPM1270). А какие номиналы резисторов нужно вешать (предполагаю 4,7к или 5,1к)? Я так понял играться можно только с 3м банком, который PCI поддерживает?

Без согласования нельзя, уже говорилось...
Посмотрите AppNote 330 и AN_11_!!! в приложении...
Вроде Bus Switch широко применяется...