есть ли какая система в занятии портов устройствами А,В,С... если например есть лишние ноги и надо подключить матричный lcd ,i2c датчик ,ISP, терминал чрез компорт и т д
например в mega8515

Какая тут может быть система? Сначала определяетесь с аппаратными устройствами МК, которые Вы будите использовать - их входы/выходы жестко закреплены за ножками МК - распределяете их. Затем, оставшиеся - по потребности в Вашем проекте... Или вопрос - не об этом?

Я раскидываю ноги (незакрепленные аппаратно) из удобства разводки платы. Т.е. программа уточняется после разводки. Или пишется после разводки - когда как. Причем приоритет именно разводке - программно дергать ноги значительно проще, чем мучиться с трассами и размещением элементов.

Конечно програмно дергать проще. Но только если время потраченное процессром на формирование сигналов на этих ногах не критично.

Проектируйте так, чтобы ножка SS была выходом, а не входом.
Больше вроде никаких нюансов нет.