Развожу плату в PCAD2006 (трассировщик SPECCTRA). Встал вопрос разводки PHY DP83865(1 Gb). До этого опыта разводки Eth не имел. В даташите написано:
All the signal traces of MII and GMII should be impedance
controlled. The trace impedance reference to ground is 50
Ohms.
Подскажите, как средствами PCAD или SPECCTRA этот импеданс контролировать?

Определиться со стэком слоев, посчитать для этого стэка параметры трасс для нужного импеданса, задать их в правилах трассировки. Все.
Хотя на самом деле там может быть и не 50 Ом, на 55-60 разницы никакой не заметно.

Для начала расчитать параметры топологии (проводники+зазоры) в калькуляторе AppCad, Cits25 etc. А вообще ничего страшного - шина DDR2 быстрее.

Нужно-ли контролировать длинну проводников от ПЛИС(в моем случае) до PHY? Если да, то всех или какими-то можно принебречь?

Всеми можно пренебречь. Слишком медленный интерфейс, чтобы еще и длины контролировать.