Имеет ли смысл использовать Compact PCI в новых разработках?
Если нет то почему и что лучше использоать вместо него.

Самый распространенный промышленный стандарт для высокопроизводительных систем (цена использования этого конструктива соответствующая). Намеков на вымирание пока не наблюдается.