На сайте атмела есть документ doc7618.pdf (называется "DFU bootloader Datasheet") из которого следует что вроде как должен быть у Mega16U2 предустановленный загрузчик DFU bootloader, насколько я это понял. И есть программатор рекомендованный атмелом, программатор FLIP, который тоже вроде как поддерживает работу с USB загрузчиком. Подключаю я Mega16U2 и ничего никаких признаков жизни от загрузчика не вижу

