Неправильно отображаются сквозные контактные площадки в режиме показа одного слоя:
- на нижнем слое металлизация круглая 2мм, а показывает верхний квадрат 3мм.

У вас активен MultiLayer и он поверх всех.
Укажите отображать последним, увидите то что хотели.
Правда при этом тоже другое не видно

неа, мультилэер скрыт, а где настраивается порядок отображения слоев?

preference/PCB editor/display/layer drawing order

ура помогло