Никто не сталкивался с такой проблемой?
SPI в режиме Master. Ножка SS запрограммирована на выход и управляет светодиодом. Как только SS падает в низкий уровень SPI переходит в режим Slave.

Подробно об этом написано в Datasheet в разделе SPI/SS Pin Functionality/Master mode.
В вашем случае это похоже на то, что SS вывод запрограммирован таки на вход, т. к. у меня в такой схеме всё правильно работает (правда SS вывод управляет не светодиодом, а входом CS DataFlash, но это сути не меняет).

2 IgorKossak

Специально все еще раз проверил. Ножка SS запрограммирована именно на выход, т.к. как выходная ножка она работает. А у вас в схеме используется именно ATmega8? Дело в том, что уже и в 128 ATMegе опасаюсь ее использовать.