#include <stdio.h>
#include <string.h>
#include "altera_avalon_pio_regs.h"
#include "alt_types.h"

#include "system.h"
#include <io.h>

union FLOAT_INT
{
    int speedi;
    float speedf;
};

int main() {

union FLOAT_INT spda;

    spda.speedf = 1.23243;
    fprintf(stdout, "\n float = %f", spda.speedf);
.....

А JTAG UART у Вас в SOPC-проекте-то есть? Stdout во что смотрит?

проверьте настройки stdout