Имеется отладочная плата SAM3S-EK. До одного момента все работало прекрасно.
Не понятно что случилось, и я заметил, что процессор перестал срабатывать на кнопку NRST.
Сделал ERASE, прошил через Sam-ba простой примерчик с диска к киту. Примерчик - моргание двумя светодиодами по таймеру с разной частотой и обработка прерываний с кнопок. При нажатии на одну кнопку - выключается первая моргалка, при нажатии на другую - вторая. Пример запускается, в UART пишет все что надо, светодиоды моргают.
Но нажатие на вторую кнопку никак не срабатывает. Сброс также не срабатывает.

Отладчик Jlink стал работать только через SWD, по обычному JTAG не находит CPU.
Мои более навороченные проекты, которые работали раньше, вылетают в HardFault.
Что могло случиться с чипом?

Во всех демопримерах от атмел ресет отключен.

Добавьте где-нибудь в начале main() такую строчку



И соответствующие заголовочные файлы и модули в Makefile.

ps: или отожгли что-то из jtag-овских выводов?

Да, видимо сожгли, и не только jtag... Не понятно только каким образом...