В общем что я сделал:
1. Скомпилил максимально упрощеный blinky и залил через Jtag. Лампочки зажглись.
2. А вот перепрограммировать не вышло. ARM конектиться, но нельзя сделать programm. Выдает ошибки типа не могу проверить RAM (adress 0x20000000 write: ABCDEFFF read: 00000000). И в итоге сбой.
3. Что делать? Может у когото есть идеи?

Мало данных. Что за JTAG? Какой программой шили? Почему программа льётся в RAM?

Я юзаю прогу SEGGER\JLinkARM_V424 и программатор JLink JTAG. Прога льет в flash, но при етом проверяет RAM (не знаю зачем). При етом появляеться ошыбка типа недопустимое значение PC.