В Virtex-5 много косяков с PCI-E, о них можно почитать в соответствующем документе:
Virtex-5 FPGA Integrated Endpoint Block for PCI Express Designs User Guide, раздел Known Restrictions. В котором расписано, какие заплатки надо собирать, на косяковые места в PCI-E Embeded Core.
Возможно Spartan-6 в этом отношении будет получше... хотя кто знает ?
Есть еще потаённое семейство Virtex-6CXT (прародитель Kintex-7, слабее обычных Virtex-6, но заметно лучше Spartan-6), возможно оно окажется наиболее интересным,.. вот только не знаю: есть ли платы на этом семействе.