В COMSOL Multiphysics 3.5a в 2D режиме сделаю круг с диаметром 10 мкм, а потом сделаю Extrude 10 мм, в следствии чего круг становится прямоугольником. Как сделать, чтоб он остался кругом?

Что сделать чтобы прямоугольник остался кругом не подскажу.

Позволю высказать предположение, что получаемый вами прямоугольник - вид сбоку полученного цилинда.

Доку пробовали читать?

Не по теме конкретного вопроса, а просто в Тему 'Вопросы по COMSOL Multiphysics':

С официального сайта Comsol можно заказать диск с 500 презентациями по всевозможному применению Multiphysics, приходит вместе с рекламной книжкой под 100 страниц:

http://www.comsol.com/conference/cd?utm_so...p;utm_content=3

Containing over 500 Multiphysics Presentations, this free CD is a rich technical resource. Featured are slideshows, animations, and papers published by users of multiphysics simulation tools from around the globe