Меняю при разводке платы в PCB эквивалентные pin-ы через "Utils - Optimize Nets - Manual pin swap". Запоминаю файл ECO. Вызываю файл схем и импортирую в него полученный ECO-файл. При этом со схемы исчезают нарисованные цепи и их обозначения, остаются только порты (хотя обмен выполняется). Можно ли нормально сделать - чтобы нарисованные цепи и их обозначения никуда со схемы не исчезали? А то что - по сути получается второй раз схему рисовать!

по сути, то что вы наблюдаете -

это и есть для пикада нормальной ситуацией - по другому он не умеет.
Да и сложно научить ПО прокладывать цепи в схематике, так что бы они были удобочитаемы для человека. Да еще и проставить названия цепей, так как нравиться конкретному человеку.
Ведь что происходит логически: от одного пина отсоединена цепь и перенесена на другой пин, а с другого - наоборот...
Другое дело, если Вам нужно после свапирования оствить расположение цепей без изменений, а пины перетасовать местами.
В этом случае сделайте эти пины отдельными гейтами и свапте уже гейты.
Вот тогда схематик (рисунок цепей) останется нетронутым, а поменяются только места расположения пинов.