В QtCreator-e в настройках сборки можно добавить свои этапы. например перед началом компиляции выполнить MoyEtap.com -qwe -asd=1234 в папке ../../anyDir. Где такое настраивается в Eclipse?

Если еще актуально: Project -> Properties -> C/C++ Build -> Settings -> Build Steps

PS Разумеется данная вкладка отсутствует в makefile-проектах

Эта вкладка отсутствует в Eclipse под Nios. Алтеровцы эклипс перепилили по своему. В NIOS IDE эти этапы добавляется в др месте. В редакторе BSP, вкладка main, ветка Settings->Addvanced->hal->make->.... под build_post_process: вбиваем то, что нужно сделать после сборки, под build_pre_process: вбиваем то, что нужно сделать перед сборкой.