Сам не занимался этим, поэтому не знаю что делать
в Allegro Pcb:
при попытке свопинга выводов разъема выходит ошибка
Pin is not swappable because the swap code is zero ... pick again.

Нужно прописать эквивалентность пинов в пэкейдже, в парт девелопере. Столбец PIN_GROUP. Внимательно! - аллегро позволяет писать эквивалентности между пинами в разных символах, т.е. например разные банки FPGA можно сделать эквивалентными. Удобно, но свопить нужно очень осторожно.

Нажмите для просмотра прикрепленного файла

Спасибо это то,что нужно!
Для разъемов,я так думаю, проблем не будет

Сделал как на картинке, но все равно осталась ошибка со свап кодом равным нулю. Может есть ошибка у меня. Создал гомогенный разъем на 20-контактов. Привожу его свойства:

Блин... Проблема была в том, что файлы pstxnet.dat, pstxchip.dat, pstxprt.dat - не обновились.