У меня в проекте есть несколько цепей питания:
+2.5_Analog
+2.5_Digital
+5_ref
+5.2_Analog
-0.2_Analog
+3.3_Digital
Я хочу что-бы они распологались только на одном слое и соеденялись с микросхемами только переходными отверстиями и короткими проводниками.
Ручной сопсоб описан здесь: Как в Protel DXP изменить слои Internal planes
Возможно есть другие способы как это сделать автоматически при трассировке?

Автоматика на Plain-слои не действует. Если назначите слой обычным, оно, конечно, разведёт дорожками, но вряд ли это вас удовлетворит.
ИМХО, только вручную.

Попробовал сделать обычным слоем и в правилах для данного класса цепей установил только один внутренний слой. Думал что Altium разведет трассы только по этому слою а вывести их наружу к микросхемам не сможет, но трассировщик повел себя по другому. Сразу после начала трассировки он добавил переходные отверстия для всех питаний и короткие трассы на наружных слоях. Затем по пытался на внутреннем слое развести эти трассы но развел только две-три из них. Что ему помешало развести их не понятно. Поробывал вручную - никаких проблем.
В чем может быть дело?

Чтоб пристойно авторазвести плату, как правило, на формулировку правил уходит больше времени, чем на ручную разводку.. Для слоя питания это вообще однозначно, тем более, что там желательно разводить широкими проводниками, а лучше - полигонами или разделением Plain-ов. Не тратьте время, делайте вручную

Так и пришлось делать в ручную, хорошо что Altium сам переходные отверстия расставил