Использую ISE 12.4 заметил, что между имплементациями значительно изменяются тайминговые очки. При этом
изменения могут быть совсем незначительными (вплоть до знака в арифметической операции). Никакие стратегии и настройки не менял...

Тоже сталкивался с такой ситуацией при работе с 10й версией. Добавлял один триггер и к периоду частоты добавлялось 2 наносекунды.

Попробуйте 13.1 или что-нибудь из старых 12.x.
12.4 - очень не очень.

Мне кажется это связано с алгоритмом роутинга. После маппинга он случайным образом раскидывает связи ипотом пытается оптимизировать их. Из-за начального случайного раскидывания и разные результаты получаются.

А как вы с этим боретесь? используете SmartXplorer?